L'infrastructure routière nipponne est bien entretenue et couvre une très grande partie du territoire. L'activité automobile se densifie près des agglomérations, notamment au niveau des autoroutes. Le réseau routier total est de 1 166 340 km dont environ 77 % recouverts de bitume. Le sens de circulation est à gauche. Historiquement, cela serait dû au fait que les samouraï (droitiers en majorité) ne devaient pas choquer leur sabre en se déplaçant sur les routes. En roulant à gauche, les sabres se retrouvent sur le côté extérieur de la route.

Les villes japonaises présentent plusieurs traits qui les distinguent de la plupart de celles des autres pays développés. Le premier est l'entremêlement de fonctions rurales et urbaines dans les périphéries, et parfois jusque dans les zones centrales, où il n'est pas rare de trouver des rizières ou des cultures maraîchères encadrées par des immeubles, à quelques encablures seulement des quartiers d'affaires. Un autre trait est la faible hauteur des constructions. Jusqu'au milieu des années 1980, Tôkyô présentait un profil à dominante horizontale ; la maison individuelle constituait l'élément le plus prégnant du paysage urbain et même les quartiers d'affaires étaient peu denses, à l'exception du "petit Manhattan" de Shinjuku-ouest, qui était alors l'unique concentration de gratte-ciels de tout l'archipel. Cet étonnant étalement du bâti présentait un contraste saisissant avec la compacité d'autres grandes métropoles d'Asie orientale, comme Hong Kong, Singapour ou Séoul. Même si le profil de Tôkyô s'est passablement verticalisé dans les années 1980-1990 –  tout comme celui des autres grandes villes japonaises – sous l'effet des multiples opérations de rénovation urbaine, la morphologie de la capitale n'a pas pour autant gagné en compacité. Au contraire, l'urbanisation continue de grignoter les espaces interstitiels des franges urbaines, tandis que les zones plus centrales connaissent une densification désordonnée des constructions. Ce mouvement complexe tient à quatre facteurs dont la combinaison est spécifique aux villes japonaises : la faible intervention de l'État dans la gestion urbaine, le rôle majeur qu'ont joué à cet égard les opérateurs ferroviaires privés, la toute-puissance de la propriété foncière et l'extraordinaire plasticité du bâti.

Le sol a ainsi acquis une telle valeur que les constructions, par rapport à lui, n'en ont presque aucune. C'est donc sans état d'âme qu'on les détruit. Les villes japonaises pratiquent depuis longtemps l'amnésie architecturale ; la mémoire du passé y prend d'autres formes, comme l'atmosphère vibrante des festivals et des fêtes populaires (matsuri) ou le pullulement des minuscules autels shinto (inari jinja) qui égayent les quartiers de leur couleur vermillon. À Tôkyô, si les temples bouddhiques et les sanctuaires shintos conservent pour la plupart une allure traditionnelle,  bien qu'ils aient été maintes fois déplacés et reconstruits à neuf, le patrimoine historique civil a presque entièrement disparu. Seuls certains hôtels de luxe et les clubs très fermés des grands keiretsu ont conservé quelques rares vestiges de l'architecture de l'époque Meiji et Taisho. Ce patrimoine architectural a été ravagé par le séisme catastrophique de 1923, puis par les bombardements américains, mais ce sont les aménagements urbains successifs de l'après-guerre qui ont achevé de faire disparaître ce qui en restait.