La ville de Tokyo dispose d'un des réseaux de métro les plus complexes au monde. Celui-ci est géré par Eidan Chikatetsu (aussi connue sous le nom de Tokyo Metro). À cela, il faut ajouter les lignes de train JR East (Sobu, Yamanote, ...) ainsi que plusieurs autres compagnies privées opérant des lignes radiales vers les banlieues. Le fait de savoir quelle compagnie prendre avant de savoir quel train prendre est le fait qui peut au début dérouter le touriste. La ligne la plus connue à Tokyo est la Yamanote, qui effectue une boucle passant par la plupart des endroits célèbres de Tokyo. Cette ligne est souvent confondue avec le métro, mais il s'agit de chemin de fer exploité par JR East. Il est parfois dit que le centre de Tokyo est défini comme étant la zone se trouvant à l'intérieur de cette ligne.

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The Tokyo subway (東京の地下鉄 Tōkyō no chikatetsu) is a part of the extensive rapid transit system in the Greater Tokyo area of Japan. While the subway system itself is largely within the city center, the lines extend far out via extensive through services onto suburban railway lines.
As of 2013, the entire network of Tokyo Metro and Toei has 290 stations and 13 lines. The Tokyo Metro and Toei networks together carry a combined average of over eight million passengers daily. Despite being ranked first in worldwide subway usage, subways make up a small fraction of heavy rail rapid transit in Tokyo alone—only 274 out of 882 railway stations, as of 2007. The Tokyo subway at 8.7 million daily passengers only represents 22% of Tokyo's 40 million daily rail passengers.
There are two primary subway operators in Tokyo: